L'histoire de guilty gear x est principalement basée sur le retour de Justice et la découverte d'un nouvel Humanoide intéligent : Dizzy.

Au 22eme siècle, les hommes ont réussi à s'approprier le pouvoir de la magie. Ils ont alors a leur disposition une sources illimitées d'énergie naturelles. A cette époque, les scientifiques du monde entier n'ont d'autres choix que de se taire et passent dans la clan destiné. Cependant, la guerre entre les nations faisant toujours rage, une nouvelle espèce d'armes biologiques extrêmement puissantes est finalement crée. C'est l'avènement des "Humanoïdes".

Un jour ,un rebel est sortie du rang de ces Humanoïdes esclaves et a revendiqué sa capacité a penser par lui-même. Cet être puissant possédait une qualité de combat impressionnantes et répondait au nom de "Justice". Il recruta de fidèles combattants partout dans le monde pour former une armée, et déclara la guerre à l'espèce humaine. De leur coté, les hommes constituèrent l'Ordre Sacré des Saints des Cavaliers dont seul objectif été d'écraser cette rebellions et de s'engager dans une Guerre Sainte contre ces Humanoïdes renégats. Après une longue série de combats appelées Croisades, Justice a finalement été enfermé dans une prison dimensionnel impénétrable. Quant aux humanoïdes restants, abandonnés par leur chef, ils furent pourchassés, les uns après les autres...

Cinq ans plus tard, le monde entier fut gagné par la peur. Justice été de retour parmis les hommes. Jugeant la situations très grave, L'Union des Nations organisa un tournoi international de combats afin de recruter les futurs membres de l'Ordres Sacré des Saints Chevaliers. Ce tournoi, auquel des criminels etaient autorisés à participer, n'était que cruauté et suspicion, et il était de rigueur que le sang coule à flots pendant les combats... En 2180, Justice, l'Humanoïde le plus puissant et diabolique que les hommes aient eut à affronter fut vaincu lors du tournoi international de combats. Les Humanoïdes restants, se retrouvant sans chef, furent pourchassés et abattus. L'espèce humaine avait réussit a repousser la menace apocalyptique que représentés les Humanoïdes.

Toutefois...moins d'un an après ces évènements, la nouvelle tomba et attira l'attention du monde entier : un Humanoïde encore inconnu avait été découvert. D'après le rapport, "cet Humanoïde fonctionne normalement, même si son manque d'initiative risque de générer la poursuite des activités. Il ne représente aucune forme d'anomalies ni aucun signes de dégâts physiques. Il faut préciser qu'aucun humains n'a encore été blessés, que se soit de manière intentionnelle ou accidentelle. Nous avons essayer, à plusieurs reprises, d'éliminer cet Humanoïde, mais en raison de son exceptionnelle aptitude au combat, nos tentatives ont échouées. Le nombre de victimes n'a pas encre été établi. L'Humanoïde est actuellement en surveillance. "Les Humanoïdes sont des armes biologiques programmées pour se soumettrent aux ordres intimés par leur chef. S'ils ne reçoivent aucun ordre, ils agissent de façon pacifique.

Cependant, Justice a effacé la mémoire de tous les Humanoïdes existants, et en l'absence d'ordre, ces derniers se montrent incapables d'agir. Ils sont non seulement dépourvus d'instinct protecteur, mais également d'instinct de survie. Un Humanoïde ne fonctionne normalement uniquement si Justice lui a donnés des ordres. Evidemment, tous le monde est surpris de voir un Humanoïdes agir de son propre chef. Les humains sont donc terrifiés à l'idée de savoir qu'une deuxième espèce d'Humanoïde indépendant comme Justice puissent exister. De plus, pour ne rien arranger, chaque nation seraient en possessions de ses propres Humanoïdes et les utiliseraient à des fins militaires, favorisants ainsi un sentiments anti Humanoïdes sans précèdent parmis les humains .

D'ailleurs, ces derniers ne seraient pas près de renoncer si facilement à leur paix, si longtemps attendue, mais bientôt, une annonce parait: Quiconque parviendra à éliminer l'Humanoïde recevra la coquette somme de 500000 dollars internationaux !

A la fin de l'histoire de Guilty Gear X, Dizzy, le nouvel Humanoïde, se fait battre par Sol Badguy, mais celui-ci décide de la laisser en vie. Peu après, Ky Kiske, le chef charismatique de police des Nations Unies et ex-chef de l'ordre sacré des chevaliers saints trouve Dizzy et l'emmène sur le "Jelyfish",bateau e johnny, pour que celui ci prennent soin de dizzy. Tout l'équipage lui a alors souhaités la bienvenue et l'ont diretement considérés comme l'un des membres de l'équipage.